Реформы Никона не меняли основ православия, а касались лишь внешней, обрядовой стороны веры. Началось исправление богослужебных книг по современным греческим образцам и установление единообразия церковной службы. Так вместо «Исус» стали писать «Иисус», двуперстное крестное знамение было заменено трёхперстным, наряду с восьмиконечным крестом был признан четырёхконечный, земные поклоны заменены поясными и т.д. Изменения были закреплены постановлениями всероссийских церковных соборов 1656 и 1667 гг. Старообрядцы, не выполняющие их решения, были объявлены еретиками и прокляты (наложен клятвенный запрет). Соборные проклятия, послужившие основанием для жёстокого преследования старообрядцев, продержались более трёх веков и были отменены лишь поместным собором 1971 года.

Разночтения между русским и греческим обрядами и церковными книгами были вполне естественными и объяснялись тем, что с момента крещения Руси Византией в 988 году прошло уже семь веков. Для православных поместных церквей вообще было характерно отсутствие чёткого закрепления ряда несущественных элементов богослужения, придававших ему специфическую национальную окраску. Однако к середине XVII столетия Византийская империя уже не существовала (два века как она была завоёвана турками), и греческая православная церковь не обладала тем могуществом и безусловным авторитетом, как во времена крестителя Руси князя Владимира.

Но причиной церковных реформ были не только объективные, насущные вопросы церковной жизни, но и вопросы политические. Прежде всего это честолюбивые замыслы московского патриарха Никона. Реформа русских православных обрядов по современному греческому образцу была необходима ему для решения ряда внешнеполитических задач — для унификации обрядов русской церкви с готовой воссоединиться с ней церковью Украины (где недавно такая реформа уже была проведена), и, шире, для упрочения собственного авторитета в глазах глав православных поместных церквей того времени, прежде всего константинопольского патриарха. В свою очередь, ослабленные долгим турецким игом греческие и южнославянские церковные иерархи сами искали поддержки у Москвы и всячески старались добиться расположения Никона.

Успешному проведению реформы благоприятствовала не только энергичная деятельность Никона, но и полная, безусловная поддержка её царём и его ближайшим окружением. Более того, Никон и в решении дел, относившихся к компетенции царской власти, стал в 1654–1656 гг. «великим государем», фактическим соправителем Алексея Михайловича. Этому способствовали доверие к нему царя и активная деятельность самого патриарха.

Светская власть считала патриарха надёжным сторонником плана реформы, подготовленного царём Алексеем Михайловичем и его духовником Стефаном Вонифатьевым. Более того, ради решения первоочередных внешнеполитических задач (воссоединение с Украиной, война с Речью Посполитой), чему должна была содействовать церковная реформа, светская власть пошла на новые уступки. Правда, эти уступки были вызваны и тем, что Алексей Михайлович ряд лет питал большое доверие к Никону и находился под его влиянием. Царь отказался от вмешательства в действия патриарха, затрагивавшие церковно-обрядовую реформу, и в его распоряжения о замещении церковных должностей. Он допустил также участие Никона в решении всех интересовавших патриарха внутриполитических и внешнеполитических дел, признал Никона своим «собинным» другом и стал именовать его великим государем, то есть как бы пожаловал ему титул, который из прежних патриархов имел только Филарет Романов. В итоге возник тесный союз светской и церковной властей в форме «премудрой двоицы», то есть царя и патриарха.

Патриарх Никон вскоре после своего избрания стал самовластным владыкой русской церкви. Он начал с устранения вмешательства в церковные дела своих прежних единомышленников по кружку ревнителей благочестия. Никон велел даже не допускать к себе протопопов Ивана Неронова, Аввакума, Даниила и других. Последние, естественно, были обижены, но их жалобы не поддержали ни царь, ни Стефан Вонифатьев, ни Ф.М. Ртищев, которые уклонялись от вмешательства в действия патриарха. Скоро его властную и тяжёлую руку почувствовали также архиереи и монастырские власти и были вынуждены подчиниться. Уже в конце 1653 года некоторые из настоятелей монастырей, чтобы угодить Никону, стали раболепно именовать его великим государем. Их примеру последовали архиереи. В 50-х годах XVII века благодаря энергичной и решительной деятельности Никона был осуществлён комплекс мер, которые определили содержание и характер церковной реформы.

Её проведение началось весной 1653 года, почти сразу же после принятия царём и боярской думой окончательного решения о включении Украины в состав Российского государства. Это совпадение не было случайным.

Первым шагом стало единоличное распоряжение патриарха, затронувшее два обряда, поклоны и перстосложение при крестном знамении. В памяти от 14 марта 1653 года, разосланной по церквам, было сказано, что впредь верующим «не подобает во церкви метания творити на колену, но в пояс бы всея творити поклоны, ещё же и трема персты бы есте крестились» (вместо двух). При этом в памяти не содержалось никакого обоснования необходимости данной перемены в обрядах. К тому же предписание патриарха не было подкреплено авторитетом церковного собора. Такое начало реформы никак нельзя назвать удачным. Ведь это решение затронуло наиболее привычные обряды, которые духовенство и верующие считали показателем истинности своей православной веры, свидетельством сохранения русской церковью «древлего благочестия».

Поэтому неудивительно, что изменение поклонов и перстосложения вызвало недоумение и недовольство верующих. Открыто это недовольство выразили провинциальные члены кружка ревнителей благочестия. Протопопы Аввакум и Даниил подготовили обширную челобитную, в которой указали на несоответствие нововведений установлениям русской церкви и для обоснования своей правоты привели в ней «из книг выписки о сложении перст и о поклонех». Челобитную они подали царю Алексею, но царь передал её Никону. Распоряжение патриарха осуждали также протопопы Иван Неронов, Лазарь и Логгин и дьякон Фёдор Иванов. Их суждения сеяли недоверие и враждебность реформе и конечно же подрывами авторитет патриарха. Поэтому Никон решительно пресёк протест своих прежних друзей и единомышленников. Ивана Неронова он сослал под крепкий надзор в Спасокаменный монастырь на острове Кубенского озера в Вологодском уезде, Аввакума — в Сибирь, Даниила — в Астрахань, лишив его сана священнослужителя, и т.д. Кружок ревнителей благочестия распался и прекратил своё существование.

Последующие решения Никона были более обдуманными и подкреплялись авторитетом церковного собора и иерархов греческой церкви, что придало этим начинаниям видимость решений всей русской церкви, которые поддержала «вселенская» (то есть константинопольская) православная церковь. Такой характер имели в частности, решения о порядке исправления в церковных чинах и обрядах, утверждённые весной 1654 года церковным собором.

Здесь необходимо заметить, что Никон и его современники не имели верного представления о происхождении различий между русской и греческой церквами в церковно-обрядовой практике. Лишь позже, в основном в работах историков XIX–XX веков было установлено, что церковные чины и обряды русской церкви XVII века являются чинами и обрядами, заимствованными у константинопольской церкви в IX–XI веках. Позднее под влиянием разных причин в чинах и обрядах самой греческой церкви произошли изменения, что и сделало их непохожими на русские. Результаты этих изменений нашли отражение в богослужебных книгах XII–XV веков, в том числе и в славянских (точнее — южнослявянских, попавших на Русь). Советники Никона, в числе которых были учёные-монахи, греки и выходцы с Украины, — Арсений Грек, Епифаний Славинецкий и другие, сравнивая эти «старые» книги XII–XV веков с русскими богослужебными книгами, напечатанными в Москве в конце XVI– первой половине XVII века, пришли к заключению, что русские чины и обряды, отличавшиеся от греческих, были «новинами».

Это мнение стало убеждением Никона. В речи на церковном соборе 1654 года он указал на постановление вселенского константинопольского церковного собора, обязывающего пастырей церкви истреблять в ней «новины», и далее перечислил «новины», которые он обнаружил в печатных московсих служебниках.

Вопрос о перстосложении при крестном знамении и свыше 20 других вопросов, преимущественно о деталях обрядовой практики, Никон затронул в своём обширном послании константинопольскому патриарху Паисию и просил его совета. Но решения по этим вопросам он принял ещё до получения ответа от Паисия, чему способствовало прибытие в Москву «за милостыней» в начале 1655 года антиохийского патриарха Макария со свитой. Поскольку последний был очень заинтересован в обильной милостыне, то, естественно, старался добиться расположения Никона. Он стал главным советником московского патриарха по церковно-обрядовым вопросам и при этом почти всегда шёл навстречу желаниям Никона. Сходную роль выполняли сербский патриарх Гавриил и никейский митрополит Григорий, тоже оказавшиеся в Москве и столь же зависевшие от расположения Никона. В частности, по его желанию Макарий, Гавриил и Григорий публично, на службе в Успенском соборе Московского Кремля, выступили с осуждением двоеперстия и утверждением, что только троеперстие является единственно православной формой перстосложения для крестного знамения.

Перемены в обрядах были осуществлены на основе современных Никону греческих книг и практики константинопольской церкви, сведения о которой реформатор получал главным образом от антиохийского патриарха Макария. Решения об изменениях обрядового характера были утверждены церковными соборами, созванными в марте 1655 года и в апреле 1656 года. В работе первого из них участвовал патриарх Макарий. Эти решения ликвидировали различие в церковно-обрядовой практике между русской и константинопольской церквами.

Большинство перемен касалось оформления церковной службы и действий священно- и церковнослужителей во время богослужения. Всех верующих затронула замена двоеперстия на троеперстие при совершении крестного знамения, «трисоставного» (восьмиконечного) креста на двоечастный (четырёхконечный), хождения во время обряда крещения по солнцу (по солонь») на хождение против солнца и некоторые другие перемены в  обрядах. Существенное значение для служителей церкви и верующих имело также исключение из служб, в основном из литургии, архиерейской молитвы, отпуста и некоторых ектений (отпуст — молитва при окончании службы; ектенья — моление за кого-либо, чаще всего — заздравное моление о царе и членах его семьи). Это повлекло за собой значительное сокращение объёма текста, подлежавшего чтению и пению, укорочение церковной службы и способствовало утверждению «единогласия».

В 1653–1656 годах проводилось также исправление богослужебных книг. Для этого было собрано большое количество греческих и славянских книг, в том числе и древних рукописных. Из-за наличия расхождений в текстах собранных книг справщики Печатного двора (с ведома Никона) взяли за основу текст, являвшийся переводом на церковнославянский язык греческого служебника XVII века, который, в свою очередь, восходил к тексту богослужебных книг XII–XV веков и во многом повторял его. По мере сравнения этой основы с древними славянскими рукописями в её текст вносили отдельные исправления. В итоге в новом служебнике (сравнительно с прежними русскими служебниками) отдельные псалмы стали короче, другие — полнее, появились новые слова и выражения, троение «аллилуйи» (вместо двоения), написание имени Христа Иисус (вместо Исус) и т.д.

Новый служебник был одобрен церковным собором 1656 года и вскоре опубликован. Но исправление его текста указанным путём продолжалось и после 1656 года, в связи с чем текст служебников, изданных в 1658 и 1665 годы, не вполне совпадал с текстом служебника 1656 года. В 1650-х годах велась также работа по исправлению Псалтири и других богослужебных книг. Перечисленные меры определили содержание церковкой реформы патриарха Никона».