Малозначительные, на первый взгляд, изменения обрядов и исправление книг привели к глубокому расколу Русской православной церкви, продолжающемуся до сих пор. Сама реформа, силовые методы её проведения (в их числе расправы с иерархами и рядовыми священнослужителями, не принявшими нововведений) и вообще управление Никоном церковью вызвало широкое недовольство. Реформа сразу вызвала возмущение части духовенства во главе с протопопом Аввакумом, Иваном Нероновым и др., которые в разной форме осуждали нововведения и отстаивали старопечатные книги. Протест реформам Никона нашёл поддержку в различных слоях русского общества: крестьянства, горожан, некоторых бояр (Хованский, Милославский, боярыня Морозова и др.), стрельцов, у части духовенства, в т.ч. и монашества. Введение новых обрядов и богослужения по исправленным книгам многие восприняли как введение новой веры, отличной от прежней, истинно православной. Возникло движение сторонников старой веры — раскол.

Церковный раскол усугубило царское правительства, вставшее целиком на сторону реформатора Никона и начавшее жестокие гонения на староверов («раскольников»). Несмотря на открытое столкновение между царём и патриархом, приведшее к падению Никона в 1658 году, политика царя осталась прежней. Противники церковной реформы были преданы анафеме на соборе 1666–1667 годов. Спасаясь от преследований, защитники «старой веры» бежали в глухие места Севера, Поволжья, Сибири, на юг России, в знак протеста сжигали себя живьём. В 1675–1695 годы было зафиксировано 37 самосожжений, во время которых погибло не менее 20 тыс. человек. Протопоп Аввакум был сожжён в срубе вместе с единомышленниками. Неудивительно, что многие старообряцы приняли участие в крестьянский войне Степана Разина, в Соловецком восстании, в восстаниях Кондратия Булавина и Емельяна Пугачёва.

Территория Нижегородского края стала местом укрывательства тысяч старообрядцев. Специально для борьбы с «расколом» в 1672 году была учреждена Нижегородская епархия. Много староверов скрывались в Заволжье, на берега рек Керженца и Ветлуги. По данным Мельникова П.И., в 1719 году на каждую тысячу жителей приходилось 283 «раскольника». Укрывательству раскольников способствовало само духовенство, которое также не принимало многое в политике Петра Первого. Так, нижегородский митрополит Исайя (1699–1707), резко критиковавший политику царя, не только «потворствовал раскольникам», но и «привержен был к старым обрядам». Считался со старообрядцами и митрополит Сильвестр (1708–1719). Кроме того, сами старообрядцы были вынуждены просто откупаться от священников.

Новые гонения начались при Петре Первом после издания им указов от 8 и 18 января 1716 года. В них было приказано переписать всех старообрядцев (как мирян, так и монахов) и обложить их двойным окладом.

В Нижегородском Поволжье борьбу со староверами повёл игумен Переяславль-Залесского Николаевского монастыря Питирим. В 1707 году ему царским указом было велено «в Балахонском и Юрьевецком уездах… обращать и в соединение ко святей церкве приводить разкольщиков». Старообрядцы боялись и ненавидели Питирима, считали его предателем, «предтечей Антихриста». Сам бывший раскольник, Питирим знал идеологию старообрядчества не понаслышке. Он был образован, начитан, умел искусно вести полемику, на собеседования со старообрядцами приносил много древних книг. Опираясь на царский указ, Питирим развернул активную деятельность по обращению раскольников. Для наведения порядка во вновь созданную в мае 1719 года Нижегородскую губернию был назначен вице-губернатором капитан-поручик Ржевский Ю.А. Возглавив Нижегородскую епархию в 1719 году, епископ Питирим нанёс сильнейший удар по керженским скитам. Используя поддержку нового губернатора, прибегая к насилию и угрозам, он заставлял нижегородских старообрядцев тысячами обращаться к официальной церкви. Питирим был один из самых деятельных и преданных проводников политики Петра Первого. Своё 50-летие император отметил в Нижнем Новгороде в окружении своих сторонников во главе с Питиримом; в 1724 году он был удостоен сана архиепископа, в 1730 — включён в состав нового Синода. До самой смерти в 1738 году Питирим неустанно преследовал старообрядцев.

Всего с 1716 по 1761 годы пределы Нижегородского Поволжья покинуло 35 тысяч ревнителей старой веры.

Во второй половине XVIII века власти были вынуждены признать бесперспективность репрессий против старообрядчества. С приходом новой императрицы Екатерины Великой (1762) стали отменяться указы, притеснявшие староверов. Их призвали вернуться в Россию из зарубежья, разрешили носить платье старого покроя и не брить бород, избираться на общественные должности и выступать свидетелями в судах, в 1782 году освободили от двойного оклада. Запрещалось даже употреблять по отношению к старообрядцам несправедливое наименование «раскольники». Старообрядческие скиты, часть которых была уничтожена при Питириме, возродились.

Уже в конце XVII века русское старообрядчество распалось на два основных направления: поповщину и беспоповщину. Первые признавали необходимость священников при богослужениях и обрядах, вторые отрицали всякую возможность существования «истинного» духовенства, так как оно «истреблено антихристом». В поповщине ведущую роль играли торговые и промышленные элементы, в беспоповщине — различные слои крестьянства. Наиболее радикальным стало второе направление — не имея собственных священников, они вынуждены были отказаться и от создания своей церкви. Беспоповцы сохранили лишь часть церковных обрядов: крещение и исповедь, а некоторые из их течений отказались вообще от каких-либо обрядов. Богослужения у беспоповцев совершали специальные выборные наставники и начётчики.

Со временем эти крупные направления распались на ряд толков, которые также раздробились на отдельные согласия. Особенно много их было в беспоповщине, которая с самого начала не представляла собой единого целого. Наиболее ранние толки в беспоповщине — поморский, федосеевский, спасовский, возникновение которых относится к концу XVII века. В XVIII веке происходило дальнейшее дробление беспоповщины. В 1737 году из поморского толка выделился филипповский толк, известный своими крайним фанатизмом и самосожжениями. Последователи его появились в Архангельской, Олонецкой и других северных губерниях. В 1743 году сам наставник этого толка Филипп и 70 его единомышленников, окружённые царским военным отрядом, сожгли себя. Массовые самосожжения продолжались и в дальнейшем. Экстремизм филипповцев угас к концу XVII– началу XIX века, когда они примирились с несением многих государственных повинностей, отказались от безбрачия и фанатизма. В конце XVIII века на фоне протеста крестьянства против крепостничества возникает страннический, или бегунский толк. В свою очередь, указанные толки разделились на множество согласий.